Dans cet article nous tentons de rendre compte des spécificités des origines sociales et des parcours scolaires de la population indigène en milieu scolaire au sud du Mexique. La ségrégation historique dont les indigènes font l'objet tant pour des raisons raciales ou ethniques que pour des raisons d'origine sociale, persiste au sein de l'école, en prenant des formes structurelles et symboliques. Le travail empirique, composé des données qualitatives et quantitatives, se déroule au sein d'un lycée professionnel dans la région du Chiapas. Les variables mobilisées sont l'origine sociale et ethnique ainsi que la trajectoire scolaire des élèves indigènes et de leurs parents. Nous verrons que les jeunes indigènes constituent une population nouvelle et minoritaire en milieu scolaire. De plus, bien qu'ils soient une population hétérogène à plusieurs égards, ils ont en commun une socialisation primaire plus précaire par rapport aux autres élèves. En revanche, leurs résultats scolaires sont plus remarquables, particulièrement chez les filles.