La reconnaissance simultanée des compétences judiciaires à la Cour commune de justice et d’arbitrage et à la cour de la Communauté de l’Afrique de l’Est agit comme obstacle à la réussite de l’intégration économique des pays appartenant simultanément à ces deux communautés, qui constitue pourtant un préalable fondamental en vue de leur développement. Suite à cette situation, les investisseurs pourraient se trouver dans une situation telle que des litiges tombent sous le champ d’application tant du droit de l’OHADA que de celui de la Communauté de l’Afrique de l’Est et appeler ainsi à la compétence tant de la CCJA que de la cour de justice de la CAE. Ce télescopage peut véritablement être à l'origine d'une insécurité juridique. Toutefois, pour vider les problèmes de cohabitation, la mise en œuvre d’une juridiction régionale compétente pour les affaires découlant de la mise en œuvre des Traités d’intégration régionale en Afrique serait importante. La CCJA présente dans ce sens des mérites qui peuvent être capitalisés.